...meine Erfahrungen mit Linux sind auch beschränkt,
aber es ist auf jeden Fall besser, eine eigene HD dafür bereitzustellen.
Wenn - und das ist gar nicht mal so unwahrscheinlich - etwas daneben geht, dann hast du immer noch ein funktionierendes Betriebssystem auf der ersten HD.
Zuerst würde ich aber doch Windows 2000 aufsetzen.
Einige Tutorials findest du hier:
http://www.lowv.de/Linux/tutor/
http://192.129.28.94/bs~i/content/080102/cd.html